テキスト
NMR測定
リモート講習会用(抜粋)
リモート講習会時のイメージ画像 2021.2.8作成
Bruker
Quick Start for TopSpin 4.1.1_H2OD2O 2021.8.18更新
Quick Start for TopSpin 4.1.1_D-solvnet 2021.8.18更新
TopSpin v3.2マニュアル(装置実習コース用) 2021.11.3更新
SampleJET概要(リモート測定用) 2021.3.6更新
AU / Python program 2021.7.20更新
Agilent
500 MHz NMR (cancer) VNMRJ 4.2A manual 2020.10.29更新
UNITY INOVA操作マニュアル(装置実習コース用) 2018.7.9更新
NMR解析
T1/T2解析 on TopSpin(準備中)
DOSY解析 on TopSpin DynamicCenter(準備中)
NMR勉強会関連
James Keeler著の
「Understanding NMR spectroscopy」(second edition)
を活用したNMR勉強会に参加しています。
章ごとに解説資料を作成しています。
ウェブ上では一部のみを公開とし、全公開は予定していません。
著者に敬意を表し、この本を購入された方にのみメール等での配布対応をいたします。
ご希望の方は、お問い合わせください。
|
|
Chapter
| Title |
Text |
Last Update |
1 | What this book is about and who should read it |
作りません |
|
2 | Setting the scence |
2(PDFファイル、2.7 MB) |
2022.6.24 |
3 | Energy levels and NMR spectra |
3(PDFファイル、3.8 MB) |
2023.9.24 |
4 | The Vector model |
(準備中) |
|
5 | Fourier transformation and data processing |
5-1,2,3(PDFファイル、4.6 MB)
5-4,5,6(PDFファイル、7.4 MB) |
2020.9.24 |
6 | The quantum mechanics of one spin |
(準備中) |
|
7 | Product operators |
非公開(PDFファイル、9.6 MB) |
2021.2.28 |
8 | Two-dimensional NMR |
(準備中) |
|
9 | Relaxation and the NOE |
9-1,2,3(PDFファイル、3.9 MB) |
2021.4.29 |
10 | Advanced topics in two-dimensional NMR |
(準備中) |
|
11 | Coherance selection: phase cycling and field gradient pulses |
11(PDFファイル、9.9 MB) |
2022.6.16 |
12 | Equivalent spins and spin system analysis |
12(PDFファイル、6.8 MB) |
2023.10.30 |
13 | How the spectrometer works |
(準備中) |
|
NMR講習会関連
2021年7月にオンラインにて装置実習を実施しました。
サンプル挿入から測定までを概略を簡単に解説しながら実況しました。
そのときに使用した資料のうち、久米田が担当した部分について公開します。
受講者が国際大学所属だったので、英語で作っています。
講習会資料
NMR practical course(PDFファイル、1.7MB) 2021.7.9更新
2025年9月に若手NMR研究会に講師として参加しました。
第25回 若手NMR研究会 ウェブサイト
講習会にて使用したファイルを公開します。
この資料は、過去の資料をベースとして描き直したものであり内容はかなり重複しています。
(つまるところは、手抜き資料です)
講習会資料
基礎講座〜タンパク質のNMR測定・構造解析〜(PDFファイル、25.9MB) 2025.9.24更新
実践、Sparkyでの手動連鎖帰属(PDFファイル、4.7MB) 2025.9.24更新
nfe11 Sparkyファイル(tgzファイル、1.9GB) 2025.9.29更新
実践編で使用しているSparkyファイルリンクを貼り忘れていました。
2024年3月にGB1を用いた解析講習会を開催しました
Topspin / Sparkyを用いた手動での主鎖帰属、およびNMRtistを用いた自動主鎖帰属について記述しています。
測定データ等のリンクは講習会資料内に記載してあります。
講習会資料
GB1を用いた解析講習会資料(PDFファイル、3.0MB) 2025.9.24更新
リンク切れを修正しました。
2022年5月にDOSY測定講習会を開催しました
DOSY測定講習会資料
DOSY測定講習会資料(PDFファイル、1.3MB) 2023.4.27更新
2021年11月から相沢先生グループ学生向けに測定から構造解析までの講習会を開催しています
測定講習
TopSpin v3.2マニュアル(装置実習コース用) 2021.11.3更新
処理と解析講習
処理と解析講習(N_Cryj7の主鎖帰属まで) 2021.11.28更新
構造解析実況
構造計算実況(15N標識Cups7の場合) 2021.12.15更新
先端NMRファシリティの共用促進プログラムにて
「装置実習コース〜蛋白質・基礎」
を担当しています。
要望があれば随時開催いたします。
日程は2日間で取り行っています。
1日目 午前
溶液タンパク質NMRの基礎
溶液タンパク質NMRサンプルの準備の仕方に始まり、
主鎖帰属や側鎖帰属手法の概略、構造解析や相互作用解析についての解説をします。
講習資料(PDFファイル、44.1MB) 2020.3.10更新
1日目 午後
装置実習
実際のサンプル、装置を使用して測定を行います。
Bruker(TopSpin)またはAgilent(VNMR6.1C、UNITY INOVA)での実習になります。
TopSpin v3.2マニュアル(装置実習コース用) 2020.3.18更新
UNITY INOVA操作マニュアル(装置実習コース用) 2018.7.9更新
2日目 午前
スペクトルデータの処理
前日に測定開始したデータやその他のデータを用いて、データの処理を行います。
Agilentの装置実習である場合には、NMRPipeを使用します。
Brukerの装置実習である場合には、TopSpinまたはNMRPipeを使用します。
2日目 午後
解析
あらかじめ用意したスペクトルデータおよびSparkyを用いて解析を行います。
主鎖帰属、側鎖帰属、相互作用解析、CYANAでの構造計算を適宜、実習します。
2日目資料
NMRデータの処理と解析(Agilent data)(PDFファイル8.7MB) 2021.2.1更新
(資料で使用しているNMRデータはサイズが大きいので別途お問い合わせください)
Linux_NMR
NMRPipe(準備中)
Sparky(準備中)
CYANA(準備中)
PyMOL(準備中)
実験室
AKTA explorer(purifier)マニュアル 2018.11.23更新
DH5α、コンピテントセルの作り方 2020.9.9更新
|